/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1 Mon Aug 19 11:21:29 BST 2013 . ------------------------------------------------------------------------------ . clipper . ------------------------------------------------------------------------------ patching file clipper/contrib/test_contrib.cpp Hunk #1 succeeded at 138 (offset 2 lines). checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c checking whether build environment is sane... yes checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p checking for gawk... gawk checking whether make sets $(MAKE)... yes checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu checking host system type... x86_64-unknown-linux-gnu checking how to print strings... printf checking for style of include used by make... GNU checking for gcc... gcc checking whether the C compiler works... yes checking for C compiler default output file name... a.out checking for suffix of executables... checking whether we are cross compiling... no checking for suffix of object files... o checking whether we are using the GNU C compiler... yes checking whether gcc accepts -g... yes checking for gcc option to accept ISO C89... none needed checking dependency style of gcc... gcc3 checking for a sed that does not truncate output... /bin/sed checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep checking for egrep... /bin/grep -E checking for fgrep... /bin/grep -F checking for ld used by gcc... /usr/bin/ld checking if the linker (/usr/bin/ld) is GNU ld... yes checking for BSD- or MS-compatible name lister (nm)... /usr/bin/nm -B checking the name lister (/usr/bin/nm -B) interface... BSD nm checking whether ln -s works... yes checking the maximum length of command line arguments... 1966080 checking whether the shell understands some XSI constructs... yes checking whether the shell understands "+="... yes checking for /usr/bin/ld option to reload object files... -r checking for objdump... objdump checking how to recognize dependent libraries... pass_all checking for ar... ar checking for strip... strip checking for ranlib... ranlib checking command to parse /usr/bin/nm -B output from gcc object... ok checking how to run the C preprocessor... gcc -E checking for ANSI C header files... yes checking for sys/types.h... yes checking for sys/stat.h... yes checking for stdlib.h... yes checking for string.h... yes checking for memory.h... yes checking for strings.h... yes checking for inttypes.h... yes checking for stdint.h... yes checking for unistd.h... yes checking for dlfcn.h... yes checking for objdir... .libs checking if gcc supports -fno-rtti -fno-exceptions... no checking for gcc option to produce PIC... -fPIC -DPIC checking if gcc PIC flag -fPIC -DPIC works... yes checking if gcc static flag -static works... no checking if gcc supports -c -o file.o... yes checking if gcc supports -c -o file.o... (cached) yes checking whether the gcc linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes checking whether -lc should be explicitly linked in... no checking dynamic linker characteristics... GNU/Linux ld.so checking how to hardcode library paths into programs... immediate checking whether stripping libraries is possible... yes checking if libtool supports shared libraries... yes checking whether to build shared libraries... yes checking whether to build static libraries... yes checking for xlc++... no checking for CC... no checking for cxx... no checking for c++... c++ checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes checking whether c++ accepts -g... yes checking dependency style of c++... gcc3 checking how to run the C++ preprocessor... c++ -E checking for ld used by c++... /usr/bin/ld -m elf_x86_64 checking if the linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) is GNU ld... yes checking whether the c++ linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes checking for c++ option to produce PIC... -fPIC -DPIC checking if c++ PIC flag -fPIC -DPIC works... yes checking if c++ static flag -static works... no checking if c++ supports -c -o file.o... yes checking if c++ supports -c -o file.o... (cached) yes checking whether the c++ linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes checking dynamic linker characteristics... (cached) GNU/Linux ld.so checking how to hardcode library paths into programs... immediate checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes checking whether gcc accepts -g... (cached) yes checking for gcc option to accept ISO C89... (cached) none needed checking dependency style of gcc... (cached) gcc3 checking whether make sets $(MAKE)... (cached) yes checking for sqrt in -lm... yes checking for fftw_print_max_memory_usage in fftw... yes checking for CMMDBManager in MMDB... yes checking for recent CCP4 libraries... yes checking for floor... yes checking for pow... yes checking for rint... yes checking for working alloca.h... yes checking for alloca... yes checking for dirent.h that defines DIR... yes checking for library containing opendir... none required checking for ANSI C header files... (cached) yes checking for sys/wait.h that is POSIX.1 compatible... yes checking OS.h usability... no checking OS.h presence... no checking for OS.h... no checking arpa/inet.h usability... yes checking arpa/inet.h presence... yes checking for arpa/inet.h... yes checking fcntl.h usability... yes checking fcntl.h presence... yes checking for fcntl.h... yes checking float.h usability... yes checking float.h presence... yes checking for float.h... yes checking libintl.h usability... yes checking libintl.h presence... yes checking for libintl.h... yes checking limits.h usability... yes checking limits.h presence... yes checking for limits.h... yes checking locale.h usability... yes checking locale.h presence... yes checking for locale.h... yes checking malloc.h usability... yes checking malloc.h presence... yes checking for malloc.h... yes checking for memory.h... (cached) yes checking netdb.h usability... yes checking netdb.h presence... yes checking for netdb.h... yes checking netinet/in.h usability... yes checking netinet/in.h presence... yes checking for netinet/in.h... yes checking stddef.h usability... yes checking stddef.h presence... yes checking for stddef.h... yes checking for stdlib.h... (cached) yes checking for string.h... (cached) yes checking sys/file.h usability... yes checking sys/file.h presence... yes checking for sys/file.h... yes checking sys/socket.h usability... yes checking sys/socket.h presence... yes checking for sys/socket.h... yes checking sys/time.h usability... yes checking sys/time.h presence... yes checking for sys/time.h... yes checking for unistd.h... (cached) yes checking wchar.h usability... yes checking wchar.h presence... yes checking for wchar.h... yes checking wctype.h usability... yes checking wctype.h presence... yes checking for wctype.h... yes checking for stdbool.h that conforms to C99... yes checking for _Bool... no checking for an ANSI C-conforming const... yes checking for inline... inline checking for mode_t... yes checking for off_t... yes checking for C/C++ restrict keyword... __restrict checking for size_t... yes checking whether time.h and sys/time.h may both be included... yes checking whether struct tm is in sys/time.h or time.h... time.h checking for error_at_line... yes checking for pid_t... yes checking vfork.h usability... no checking vfork.h presence... no checking for vfork.h... no checking for fork... yes checking for vfork... yes checking for working fork... yes checking for working vfork... (cached) yes checking for stdlib.h... (cached) yes checking for GNU libc compatible malloc... yes checking whether mbrtowc and mbstate_t are properly declared... yes checking for working memcmp... yes checking for stdlib.h... (cached) yes checking for unistd.h... (cached) yes checking for sys/param.h... yes checking for getpagesize... yes checking for working mmap... yes checking for stdlib.h... (cached) yes checking for GNU libc compatible realloc... yes checking sys/select.h usability... yes checking sys/select.h presence... yes checking for sys/select.h... yes checking for sys/socket.h... (cached) yes checking types of arguments for select... int,fd_set *,struct timeval * checking whether lstat correctly handles trailing slash... yes checking whether stat accepts an empty string... no checking for working strtod... yes checking for vprintf... yes checking for _doprnt... no checking for bzero... yes checking for floor... (cached) yes checking for gethostbyname... yes checking for gettimeofday... yes checking for localtime_r... yes checking for mbrlen... yes checking for memmove... yes checking for memset... yes checking for mkdir... yes checking for modf... yes checking for munmap... yes checking for pow... (cached) yes checking for putenv... yes checking for re_comp... yes checking for regcomp... yes checking for rint... (cached) yes checking for select... yes checking for setenv... yes checking for socket... yes checking for sqrt... yes checking for strcasecmp... yes checking for strchr... yes checking for strdup... yes checking for strerror... yes checking for strncasecmp... yes checking for strpbrk... yes checking for strrchr... yes checking for strstr... yes checking utime.h usability... yes checking utime.h presence... yes checking for utime.h... yes checking for struct utimbuf... yes configure: creating ./config.status config.status: creating Makefile config.status: creating clipper-config config.status: creating clipper/Makefile config.status: creating clipper/ccp4/Makefile config.status: creating clipper/contrib/Makefile config.status: creating clipper/core/Makefile config.status: creating clipper/mmdb/Makefile config.status: creating clipper/minimol/Makefile config.status: creating clipper/phs/Makefile config.status: creating clipper/cif/Makefile config.status: creating clipper/cns/Makefile config.status: creating examples/Makefile config.status: creating config/Makefile config.status: creating dox/Makefile config.status: executing depfiles commands config.status: executing libtool commands Configuration Summary ------------------------------ core: yes contrib: yes phs: yes mmdb: yes minimol: yes cif: yes ccp4: yes cns: yes gpp4: no Making all in config make[1]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/config' make[1]: Nothing to be done for `all'. make[1]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/config' Making all in clipper make[1]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper' Making all in core make[2]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/core' /bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" -DPACKAGE_STRING=\"clipper\ 2.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 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"libclipper-mmdb.la" ) make[2]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/mmdb' Making all in minimol make[2]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/minimol' /bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" -DPACKAGE_STRING=\"clipper\ 2.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 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/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libccp4c.so -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64 -L/lib/../lib64 -L/usr/lib/../lib64 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64/crtn.o -Wl,-soname -Wl,libclipper-ccp4.so.2 -o .libs/libclipper-ccp4.so.2.0.7 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libclipper-ccp4.so.2" && ln -s "libclipper-ccp4.so.2.0.7" "libclipper-ccp4.so.2") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libclipper-ccp4.so" && ln -s "libclipper-ccp4.so.2.0.7" "libclipper-ccp4.so") libtool: link: ar cru .libs/libclipper-ccp4.a ccp4_map_io.o ccp4_mtz_io.o ccp4_mtz_types.o ccp4_utils.o libtool: link: ranlib .libs/libclipper-ccp4.a libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libclipper-ccp4.la" && ln -s "../libclipper-ccp4.la" "libclipper-ccp4.la" ) make[2]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/ccp4' Making all in cif make[2]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/cif' /bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" -DPACKAGE_STRING=\"clipper\ 2.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 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"libclipper-phs.so" && ln -s "libclipper-phs.so.2.0.7" "libclipper-phs.so") libtool: link: ar cru .libs/libclipper-phs.a phs_io.o libtool: link: ranlib .libs/libclipper-phs.a libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libclipper-phs.la" && ln -s "../libclipper-phs.la" "libclipper-phs.la" ) make[2]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/phs' Making all in cns make[2]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/cns' /bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" -DPACKAGE_STRING=\"clipper\ 2.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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"libclipper-cns.la" ) make[2]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/cns' Making all in contrib make[2]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/contrib' /bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" -DPACKAGE_STRING=\"clipper\ 2.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 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`/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper' make[2]: Nothing to be done for `all-am'. make[2]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper' make[1]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper' Making all in examples make[1]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/examples' c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" -DPACKAGE_STRING=\"clipper\ 2.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/librfftw.so /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libfftw.so /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libccp4c.so -lm /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libmmdb.so -Wl,-rpath -Wl,/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib libtool: link: c++ -g -O2 -fno-strict-aliasing -o .libs/csfcalc csfcalc.o ../clipper/contrib/.libs/libclipper-contrib.so -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib ../clipper/ccp4/.libs/libclipper-ccp4.so ../clipper/phs/.libs/libclipper-phs.so ../clipper/cns/.libs/libclipper-cns.so ../clipper/cif/.libs/libclipper-cif.so ../clipper/minimol/.libs/libclipper-minimol.so /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/mmdb/.libs/libclipper-mmdb.so /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/core/.libs/libclipper-core.so ../clipper/core/.libs/libclipper-core.so -lpthread /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/librfftw.so /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libfftw.so /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libccp4c.so -lm /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libmmdb.so -Wl,-rpath -Wl,/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib /bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link c++ -g -O2 -fno-strict-aliasing -o csigmaa csigmaa.o ../clipper/contrib/libclipper-contrib.la ../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la ../clipper/phs/libclipper-phs.la ../clipper/cns/libclipper-cns.la ../clipper/cif/libclipper-cif.la ../clipper/minimol/libclipper-minimol.la ../clipper/core/libclipper-core.la -lpthread -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lrfftw -lfftw -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lccp4c -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lmmdb libtool: link: c++ -g -O2 -fno-strict-aliasing -o .libs/csfcreate csfcreate.o ../clipper/contrib/.libs/libclipper-contrib.so -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib ../clipper/ccp4/.libs/libclipper-ccp4.so ../clipper/phs/.libs/libclipper-phs.so ../clipper/cns/.libs/libclipper-cns.so ../clipper/cif/.libs/libclipper-cif.so ../clipper/minimol/.libs/libclipper-minimol.so /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/mmdb/.libs/libclipper-mmdb.so /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/core/.libs/libclipper-core.so ../clipper/core/.libs/libclipper-core.so -lpthread /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/librfftw.so /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libfftw.so /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libccp4c.so -lm /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libmmdb.so -Wl,-rpath -Wl,/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib /bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link c++ -g -O2 -fno-strict-aliasing -o csymmatch csymmatch.o ../clipper/contrib/libclipper-contrib.la ../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la ../clipper/phs/libclipper-phs.la ../clipper/cns/libclipper-cns.la ../clipper/cif/libclipper-cif.la ../clipper/minimol/libclipper-minimol.la ../clipper/core/libclipper-core.la -lpthread -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lrfftw -lfftw -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lccp4c -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lmmdb /bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link c++ -g -O2 -fno-strict-aliasing -o maketestdata maketestdata.o ../clipper/contrib/libclipper-contrib.la ../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la ../clipper/phs/libclipper-phs.la ../clipper/cns/libclipper-cns.la ../clipper/cif/libclipper-cif.la ../clipper/minimol/libclipper-minimol.la ../clipper/core/libclipper-core.la -lpthread -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lrfftw -lfftw -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lccp4c -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lmmdb libtool: link: c++ -g -O2 -fno-strict-aliasing -o .libs/csigmaa csigmaa.o ../clipper/contrib/.libs/libclipper-contrib.so -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib ../clipper/ccp4/.libs/libclipper-ccp4.so ../clipper/phs/.libs/libclipper-phs.so ../clipper/cns/.libs/libclipper-cns.so ../clipper/cif/.libs/libclipper-cif.so ../clipper/minimol/.libs/libclipper-minimol.so /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/mmdb/.libs/libclipper-mmdb.so /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/core/.libs/libclipper-core.so ../clipper/core/.libs/libclipper-core.so -lpthread /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/librfftw.so /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libfftw.so /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libccp4c.so -lm /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libmmdb.so -Wl,-rpath -Wl,/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib libtool: link: c++ -g -O2 -fno-strict-aliasing -o .libs/csymmatch csymmatch.o ../clipper/contrib/.libs/libclipper-contrib.so -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib ../clipper/ccp4/.libs/libclipper-ccp4.so ../clipper/phs/.libs/libclipper-phs.so ../clipper/cns/.libs/libclipper-cns.so ../clipper/cif/.libs/libclipper-cif.so ../clipper/minimol/.libs/libclipper-minimol.so /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/mmdb/.libs/libclipper-mmdb.so /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/core/.libs/libclipper-core.so ../clipper/core/.libs/libclipper-core.so -lpthread /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/librfftw.so /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libfftw.so /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libccp4c.so -lm /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libmmdb.so -Wl,-rpath -Wl,/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib libtool: link: c++ -g -O2 -fno-strict-aliasing -o .libs/maketestdata maketestdata.o ../clipper/contrib/.libs/libclipper-contrib.so -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib ../clipper/ccp4/.libs/libclipper-ccp4.so ../clipper/phs/.libs/libclipper-phs.so ../clipper/cns/.libs/libclipper-cns.so ../clipper/cif/.libs/libclipper-cif.so ../clipper/minimol/.libs/libclipper-minimol.so /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/mmdb/.libs/libclipper-mmdb.so /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/core/.libs/libclipper-core.so ../clipper/core/.libs/libclipper-core.so -lpthread /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/librfftw.so /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libfftw.so /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libccp4c.so -lm /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libmmdb.so -Wl,-rpath -Wl,/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib mv -f .deps/convert2mtz.Tpo .deps/convert2mtz.Po /bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link c++ -g -O2 -fno-strict-aliasing -o convert2mtz convert2mtz.o ../clipper/contrib/libclipper-contrib.la ../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la ../clipper/phs/libclipper-phs.la ../clipper/cns/libclipper-cns.la ../clipper/cif/libclipper-cif.la ../clipper/minimol/libclipper-minimol.la ../clipper/core/libclipper-core.la -lpthread -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lrfftw -lfftw -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lccp4c -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lmmdb libtool: link: c++ -g -O2 -fno-strict-aliasing -o .libs/convert2mtz convert2mtz.o ../clipper/contrib/.libs/libclipper-contrib.so -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib ../clipper/ccp4/.libs/libclipper-ccp4.so ../clipper/phs/.libs/libclipper-phs.so ../clipper/cns/.libs/libclipper-cns.so ../clipper/cif/.libs/libclipper-cif.so ../clipper/minimol/.libs/libclipper-minimol.so /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/mmdb/.libs/libclipper-mmdb.so /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/core/.libs/libclipper-core.so ../clipper/core/.libs/libclipper-core.so -lpthread /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/librfftw.so /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libfftw.so /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libccp4c.so -lm /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libmmdb.so -Wl,-rpath -Wl,/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib make[1]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/examples' Making all in dox make[1]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/dox' make[1]: Nothing to be done for `all'. make[1]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/dox' make[1]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1' make[1]: Nothing to be done for `all-am'. make[1]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1' Making install in config make[1]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/config' make[2]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/config' make[2]: Nothing to be done for `install-exec-am'. make[2]: Nothing to be done for `install-data-am'. make[2]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/config' make[1]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/config' Making install in clipper make[1]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper' Making install in core make[2]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/core' make[3]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/core' test -z "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib" || /bin/mkdir -p "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib" test -z "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/core" || /bin/mkdir -p "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/core" /bin/sh ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libclipper-core.la '/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib' /usr/bin/install -c -m 644 atomsf.h cell.h clipper_instance.h clipper_memory.h clipper_message.h clipper_precision.h clipper_stats.h clipper_sysdep.h clipper_test.h clipper_thread.h clipper_types.h clipper_util.h container.h container_hkl.h container_map.h container_types.h coords.h derivs.h fftmap.h fftmap_sparse.h hkl_compute.h hkl_data.h hkl_datatypes.h hkl_info.h hkl_lookup.h hkl_operators.h map_interp.h map_utils.h nxmap.h nxmap_operator.h ramachandran.h resol_basisfn.h resol_fn.h resol_targetfn.h rotation.h spacegroup_data.h spacegroup.h symop.h test_core.h test_data.h '/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/core' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-core.so.2.0.7 /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-core.so.2.0.7 /usr/bin/install -c -m 644 xmap.h '/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/core' libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib && { ln -s -f libclipper-core.so.2.0.7 libclipper-core.so.2 || { rm -f libclipper-core.so.2 && ln -s libclipper-core.so.2.0.7 libclipper-core.so.2; }; }) libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib && { ln -s -f libclipper-core.so.2.0.7 libclipper-core.so || { rm -f libclipper-core.so && ln -s libclipper-core.so.2.0.7 libclipper-core.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-core.lai /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-core.la libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-core.a /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-core.a libtool: install: chmod 644 /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-core.a libtool: install: ranlib /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-core.a libtool: finish: PATH="/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin:/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2/bin:/home/emsley/bin.Linux:/home/emsley/gdb/bin:/home/emsley/bin:/home/emsley/tools/bin:/sbin:/usr/sbin:/home/emsley/molprobity:/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bsd:/sbin:/usr/bin:/bin::/etc:/usr/etc:/sbin" ldconfig -n /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib ---------------------------------------------------------------------- Libraries have been installed in: /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib If you ever happen to want to link against installed libraries in a given directory, LIBDIR, you must either use libtool, and specify the full pathname of the library, or use the `-LLIBDIR' flag during linking and do at least one of the following: - add LIBDIR to the `LD_LIBRARY_PATH' environment variable during execution - add LIBDIR to the `LD_RUN_PATH' environment variable during linking - use the `-Wl,-rpath -Wl,LIBDIR' linker flag - have your system administrator add LIBDIR to `/etc/ld.so.conf' See any operating system documentation about shared libraries for more information, such as the ld(1) and ld.so(8) manual pages. ---------------------------------------------------------------------- make[3]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/core' make[2]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/core' Making install in mmdb make[2]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/mmdb' make[3]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/mmdb' test -z "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib" || /bin/mkdir -p "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib" test -z "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/mmdb" || /bin/mkdir -p "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/mmdb" /bin/sh ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libclipper-mmdb.la '/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib' /usr/bin/install -c -m 644 clipper_mmdb.h '/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/mmdb' libtool: install: warning: relinking `libclipper-mmdb.la' libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/mmdb; /bin/sh /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/libtool --tag CXX --mode=relink c++ -g -O2 -fno-strict-aliasing -version-info 2:7:0 -o libclipper-mmdb.la -rpath /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib clipper_mmdb.lo ../../clipper/core/libclipper-core.la -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lmmdb -lm ) libtool: relink: c++ -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/crtbeginS.o .libs/clipper_mmdb.o -Wl,-rpath -Wl,/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lclipper-core -lrfftw -lfftw -lpthread -lmmdb -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64 -L/lib/../lib64 -L/usr/lib/../lib64 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64/crtn.o -Wl,-soname -Wl,libclipper-mmdb.so.2 -o .libs/libclipper-mmdb.so.2.0.7 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-mmdb.so.2.0.7T /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-mmdb.so.2.0.7 libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib && { ln -s -f libclipper-mmdb.so.2.0.7 libclipper-mmdb.so.2 || { rm -f libclipper-mmdb.so.2 && ln -s libclipper-mmdb.so.2.0.7 libclipper-mmdb.so.2; }; }) libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib && { ln -s -f libclipper-mmdb.so.2.0.7 libclipper-mmdb.so || { rm -f libclipper-mmdb.so && ln -s libclipper-mmdb.so.2.0.7 libclipper-mmdb.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-mmdb.lai /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-mmdb.la libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-mmdb.a /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-mmdb.a libtool: install: chmod 644 /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-mmdb.a libtool: install: ranlib /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-mmdb.a libtool: finish: PATH="/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin:/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2/bin:/home/emsley/bin.Linux:/home/emsley/gdb/bin:/home/emsley/bin:/home/emsley/tools/bin:/sbin:/usr/sbin:/home/emsley/molprobity:/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bsd:/sbin:/usr/bin:/bin::/etc:/usr/etc:/sbin" ldconfig -n /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib ---------------------------------------------------------------------- Libraries have been installed in: /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib If you ever happen to want to link against installed libraries in a given directory, LIBDIR, you must either use libtool, and specify the full pathname of the library, or use the `-LLIBDIR' flag during linking and do at least one of the following: - add LIBDIR to the `LD_LIBRARY_PATH' environment variable during execution - add LIBDIR to the `LD_RUN_PATH' environment variable during linking - use the `-Wl,-rpath -Wl,LIBDIR' linker flag - have your system administrator add LIBDIR to `/etc/ld.so.conf' See any operating system documentation about shared libraries for more information, such as the ld(1) and ld.so(8) manual pages. ---------------------------------------------------------------------- make[3]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/mmdb' make[2]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/mmdb' Making install in minimol make[2]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/minimol' make[3]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/minimol' test -z "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib" || /bin/mkdir -p "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib" test -z "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/minimol" || /bin/mkdir -p "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/minimol" /bin/sh ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libclipper-minimol.la '/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib' /usr/bin/install -c -m 644 container_minimol.h minimol_data.h minimol.h minimol_io.h minimol_seq.h minimol_utils.h '/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/minimol' libtool: install: warning: relinking `libclipper-minimol.la' libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/minimol; /bin/sh /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/libtool --tag CXX --mode=relink c++ -g -O2 -fno-strict-aliasing -version-info 2:7:0 -o libclipper-minimol.la -rpath /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib container_minimol.lo minimol.lo minimol_data.lo minimol_io.lo minimol_seq.lo minimol_utils.lo ../../clipper/mmdb/libclipper-mmdb.la ../../clipper/core/libclipper-core.la -lm ) libtool: relink: c++ -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/crtbeginS.o .libs/container_minimol.o .libs/minimol.o .libs/minimol_data.o .libs/minimol_io.o .libs/minimol_seq.o .libs/minimol_utils.o -Wl,-rpath -Wl,/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -L/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/core/.libs -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lclipper-mmdb -lmmdb -lclipper-core -lrfftw -lfftw -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64 -L/lib/../lib64 -L/usr/lib/../lib64 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64/crtn.o -Wl,-soname -Wl,libclipper-minimol.so.2 -o .libs/libclipper-minimol.so.2.0.7 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-minimol.so.2.0.7T /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-minimol.so.2.0.7 libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib && { ln -s -f libclipper-minimol.so.2.0.7 libclipper-minimol.so.2 || { rm -f libclipper-minimol.so.2 && ln -s libclipper-minimol.so.2.0.7 libclipper-minimol.so.2; }; }) libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib && { ln -s -f libclipper-minimol.so.2.0.7 libclipper-minimol.so || { rm -f libclipper-minimol.so && ln -s libclipper-minimol.so.2.0.7 libclipper-minimol.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-minimol.lai /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-minimol.la libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-minimol.a /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-minimol.a libtool: install: chmod 644 /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-minimol.a libtool: install: ranlib /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-minimol.a libtool: finish: PATH="/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin:/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2/bin:/home/emsley/bin.Linux:/home/emsley/gdb/bin:/home/emsley/bin:/home/emsley/tools/bin:/sbin:/usr/sbin:/home/emsley/molprobity:/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bsd:/sbin:/usr/bin:/bin::/etc:/usr/etc:/sbin" ldconfig -n /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib ---------------------------------------------------------------------- Libraries have been installed in: /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib If you ever happen to want to link against installed libraries in a given directory, LIBDIR, you must either use libtool, and specify the full pathname of the library, or use the `-LLIBDIR' flag during linking and do at least one of the following: - add LIBDIR to the `LD_LIBRARY_PATH' environment variable during execution - add LIBDIR to the `LD_RUN_PATH' environment variable during linking - use the `-Wl,-rpath -Wl,LIBDIR' linker flag - have your system administrator add LIBDIR to `/etc/ld.so.conf' See any operating system documentation about shared libraries for more information, such as the ld(1) and ld.so(8) manual pages. ---------------------------------------------------------------------- make[3]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/minimol' make[2]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/minimol' Making install in ccp4 make[2]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/ccp4' make[3]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/ccp4' test -z "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib" || /bin/mkdir -p "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib" test -z "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/ccp4" || /bin/mkdir -p "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/ccp4" /bin/sh ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libclipper-ccp4.la '/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib' /usr/bin/install -c -m 644 ccp4_map_io.h ccp4_mtz_io.h ccp4_mtz_types.h ccp4_utils.h '/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/ccp4' libtool: install: warning: relinking `libclipper-ccp4.la' libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/ccp4; /bin/sh /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/libtool --tag CXX --mode=relink c++ -g -O2 -fno-strict-aliasing -version-info 2:7:0 -o libclipper-ccp4.la -rpath /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib ccp4_map_io.lo ccp4_mtz_io.lo ccp4_mtz_types.lo ccp4_utils.lo ../../clipper/core/libclipper-core.la -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lccp4c -lm ) libtool: relink: c++ -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/crtbeginS.o .libs/ccp4_map_io.o .libs/ccp4_mtz_io.o .libs/ccp4_mtz_types.o .libs/ccp4_utils.o -Wl,-rpath -Wl,/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lclipper-core -lrfftw -lfftw -lpthread -lccp4c -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64 -L/lib/../lib64 -L/usr/lib/../lib64 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64/crtn.o -Wl,-soname -Wl,libclipper-ccp4.so.2 -o .libs/libclipper-ccp4.so.2.0.7 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-ccp4.so.2.0.7T /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-ccp4.so.2.0.7 libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib && { ln -s -f libclipper-ccp4.so.2.0.7 libclipper-ccp4.so.2 || { rm -f libclipper-ccp4.so.2 && ln -s libclipper-ccp4.so.2.0.7 libclipper-ccp4.so.2; }; }) libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib && { ln -s -f libclipper-ccp4.so.2.0.7 libclipper-ccp4.so || { rm -f libclipper-ccp4.so && ln -s libclipper-ccp4.so.2.0.7 libclipper-ccp4.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-ccp4.lai /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-ccp4.la libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-ccp4.a /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-ccp4.a libtool: install: chmod 644 /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-ccp4.a libtool: install: ranlib /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-ccp4.a libtool: finish: PATH="/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin:/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2/bin:/home/emsley/bin.Linux:/home/emsley/gdb/bin:/home/emsley/bin:/home/emsley/tools/bin:/sbin:/usr/sbin:/home/emsley/molprobity:/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bsd:/sbin:/usr/bin:/bin::/etc:/usr/etc:/sbin" ldconfig -n /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib ---------------------------------------------------------------------- Libraries have been installed in: /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib If you ever happen to want to link against installed libraries in a given directory, LIBDIR, you must either use libtool, and specify the full pathname of the library, or use the `-LLIBDIR' flag during linking and do at least one of the following: - add LIBDIR to the `LD_LIBRARY_PATH' environment variable during execution - add LIBDIR to the `LD_RUN_PATH' environment variable during linking - use the `-Wl,-rpath -Wl,LIBDIR' linker flag - have your system administrator add LIBDIR to `/etc/ld.so.conf' See any operating system documentation about shared libraries for more information, such as the ld(1) and ld.so(8) manual pages. ---------------------------------------------------------------------- make[3]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/ccp4' make[2]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/ccp4' Making install in cif make[2]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/cif' make[3]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/cif' test -z "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib" || /bin/mkdir -p "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib" test -z "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/cif" || /bin/mkdir -p "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/cif" /bin/sh ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libclipper-cif.la '/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib' /usr/bin/install -c -m 644 cif_data_io.h '/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/cif' libtool: install: warning: relinking `libclipper-cif.la' libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/cif; /bin/sh /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/libtool --tag CXX --mode=relink c++ -g -O2 -fno-strict-aliasing -version-info 2:7:0 -o libclipper-cif.la -rpath /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib cif_data_io.lo ../../clipper/core/libclipper-core.la -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lmmdb -lm ) libtool: relink: c++ -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/crtbeginS.o .libs/cif_data_io.o -Wl,-rpath -Wl,/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lclipper-core -lrfftw -lfftw -lpthread -lmmdb -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64 -L/lib/../lib64 -L/usr/lib/../lib64 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64/crtn.o -Wl,-soname -Wl,libclipper-cif.so.2 -o .libs/libclipper-cif.so.2.0.7 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-cif.so.2.0.7T /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-cif.so.2.0.7 libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib && { ln -s -f libclipper-cif.so.2.0.7 libclipper-cif.so.2 || { rm -f libclipper-cif.so.2 && ln -s libclipper-cif.so.2.0.7 libclipper-cif.so.2; }; }) libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib && { ln -s -f libclipper-cif.so.2.0.7 libclipper-cif.so || { rm -f libclipper-cif.so && ln -s libclipper-cif.so.2.0.7 libclipper-cif.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-cif.lai /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-cif.la libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-cif.a /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-cif.a libtool: install: chmod 644 /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-cif.a libtool: install: ranlib /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-cif.a libtool: finish: PATH="/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin:/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2/bin:/home/emsley/bin.Linux:/home/emsley/gdb/bin:/home/emsley/bin:/home/emsley/tools/bin:/sbin:/usr/sbin:/home/emsley/molprobity:/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bsd:/sbin:/usr/bin:/bin::/etc:/usr/etc:/sbin" ldconfig -n /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib ---------------------------------------------------------------------- Libraries have been installed in: /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib If you ever happen to want to link against installed libraries in a given directory, LIBDIR, you must either use libtool, and specify the full pathname of the library, or use the `-LLIBDIR' flag during linking and do at least one of the following: - add LIBDIR to the `LD_LIBRARY_PATH' environment variable during execution - add LIBDIR to the `LD_RUN_PATH' environment variable during linking - use the `-Wl,-rpath -Wl,LIBDIR' linker flag - have your system administrator add LIBDIR to `/etc/ld.so.conf' See any operating system documentation about shared libraries for more information, such as the ld(1) and ld.so(8) manual pages. ---------------------------------------------------------------------- make[3]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/cif' make[2]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/cif' Making install in phs make[2]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/phs' make[3]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/phs' test -z "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib" || /bin/mkdir -p "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib" test -z "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/phs" || /bin/mkdir -p "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/phs" /bin/sh ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libclipper-phs.la '/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib' /usr/bin/install -c -m 644 phs_io.h '/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/phs' libtool: install: warning: relinking `libclipper-phs.la' libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/phs; /bin/sh /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/libtool --tag CXX --mode=relink c++ -g -O2 -fno-strict-aliasing -version-info 2:7:0 -o libclipper-phs.la -rpath /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib phs_io.lo ../../clipper/core/libclipper-core.la -lm ) libtool: relink: c++ -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/crtbeginS.o .libs/phs_io.o -Wl,-rpath -Wl,/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lclipper-core -lrfftw -lfftw -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64 -L/lib/../lib64 -L/usr/lib/../lib64 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64/crtn.o -Wl,-soname -Wl,libclipper-phs.so.2 -o .libs/libclipper-phs.so.2.0.7 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-phs.so.2.0.7T /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-phs.so.2.0.7 libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib && { ln -s -f libclipper-phs.so.2.0.7 libclipper-phs.so.2 || { rm -f libclipper-phs.so.2 && ln -s libclipper-phs.so.2.0.7 libclipper-phs.so.2; }; }) libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib && { ln -s -f libclipper-phs.so.2.0.7 libclipper-phs.so || { rm -f libclipper-phs.so && ln -s libclipper-phs.so.2.0.7 libclipper-phs.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-phs.lai /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-phs.la libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-phs.a /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-phs.a libtool: install: chmod 644 /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-phs.a libtool: install: ranlib /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-phs.a libtool: finish: PATH="/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin:/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2/bin:/home/emsley/bin.Linux:/home/emsley/gdb/bin:/home/emsley/bin:/home/emsley/tools/bin:/sbin:/usr/sbin:/home/emsley/molprobity:/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bsd:/sbin:/usr/bin:/bin::/etc:/usr/etc:/sbin" ldconfig -n /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib ---------------------------------------------------------------------- Libraries have been installed in: /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib If you ever happen to want to link against installed libraries in a given directory, LIBDIR, you must either use libtool, and specify the full pathname of the library, or use the `-LLIBDIR' flag during linking and do at least one of the following: - add LIBDIR to the `LD_LIBRARY_PATH' environment variable during execution - add LIBDIR to the `LD_RUN_PATH' environment variable during linking - use the `-Wl,-rpath -Wl,LIBDIR' linker flag - have your system administrator add LIBDIR to `/etc/ld.so.conf' See any operating system documentation about shared libraries for more information, such as the ld(1) and ld.so(8) manual pages. ---------------------------------------------------------------------- make[3]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/phs' make[2]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/phs' Making install in cns make[2]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/cns' make[3]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/cns' test -z "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib" || /bin/mkdir -p "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib" test -z "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/cns" || /bin/mkdir -p "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/cns" /bin/sh ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libclipper-cns.la '/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib' /usr/bin/install -c -m 644 cns_hkl_io.h cns_map_io.h '/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/cns' libtool: install: warning: relinking `libclipper-cns.la' libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/cns; /bin/sh /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/libtool --tag CXX --mode=relink c++ -g -O2 -fno-strict-aliasing -version-info 2:7:0 -o libclipper-cns.la -rpath /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib cns_hkl_io.lo cns_map_io.lo ../../clipper/core/libclipper-core.la -lm ) libtool: relink: c++ -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/crtbeginS.o .libs/cns_hkl_io.o .libs/cns_map_io.o -Wl,-rpath -Wl,/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lclipper-core -lrfftw -lfftw -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64 -L/lib/../lib64 -L/usr/lib/../lib64 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64/crtn.o -Wl,-soname -Wl,libclipper-cns.so.2 -o .libs/libclipper-cns.so.2.0.7 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-cns.so.2.0.7T /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-cns.so.2.0.7 libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib && { ln -s -f libclipper-cns.so.2.0.7 libclipper-cns.so.2 || { rm -f libclipper-cns.so.2 && ln -s libclipper-cns.so.2.0.7 libclipper-cns.so.2; }; }) libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib && { ln -s -f libclipper-cns.so.2.0.7 libclipper-cns.so || { rm -f libclipper-cns.so && ln -s libclipper-cns.so.2.0.7 libclipper-cns.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-cns.lai /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-cns.la libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-cns.a /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-cns.a libtool: install: chmod 644 /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-cns.a libtool: install: ranlib /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-cns.a libtool: finish: PATH="/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin:/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2/bin:/home/emsley/bin.Linux:/home/emsley/gdb/bin:/home/emsley/bin:/home/emsley/tools/bin:/sbin:/usr/sbin:/home/emsley/molprobity:/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bsd:/sbin:/usr/bin:/bin::/etc:/usr/etc:/sbin" ldconfig -n /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib ---------------------------------------------------------------------- Libraries have been installed in: /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib If you ever happen to want to link against installed libraries in a given directory, LIBDIR, you must either use libtool, and specify the full pathname of the library, or use the `-LLIBDIR' flag during linking and do at least one of the following: - add LIBDIR to the `LD_LIBRARY_PATH' environment variable during execution - add LIBDIR to the `LD_RUN_PATH' environment variable during linking - use the `-Wl,-rpath -Wl,LIBDIR' linker flag - have your system administrator add LIBDIR to `/etc/ld.so.conf' See any operating system documentation about shared libraries for more information, such as the ld(1) and ld.so(8) manual pages. ---------------------------------------------------------------------- make[3]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/cns' make[2]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/cns' Making install in contrib make[2]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/contrib' make[3]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/contrib' test -z "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib" || /bin/mkdir -p "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib" test -z "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/contrib" || /bin/mkdir -p "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/contrib" /bin/sh ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libclipper-contrib.la '/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib' /usr/bin/install -c -m 644 convolution_search.h edcalc.h fffear.h function_object_bases.h mapfilter.h originmatch.h sfcalc.h sfcalc_obs.h sfscale.h sfweight.h skeleton.h test_contrib.h '/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper/contrib' libtool: install: warning: relinking `libclipper-contrib.la' libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/contrib; /bin/sh /home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/libtool --tag CXX --mode=relink c++ -g -O2 -fno-strict-aliasing -version-info 2:7:0 -o libclipper-contrib.la -rpath /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib convolution_search.lo edcalc.lo fffear.lo function_object_bases.lo mapfilter.lo originmatch.lo sfcalc.lo sfcalc_obs.lo sfscale.lo sfweight.lo skeleton.lo test_contrib.lo ../../clipper/core/libclipper-core.la -lm ) libtool: relink: c++ -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/crtbeginS.o .libs/convolution_search.o .libs/edcalc.o .libs/fffear.o .libs/function_object_bases.o .libs/mapfilter.o .libs/originmatch.o .libs/sfcalc.o .libs/sfcalc_obs.o .libs/sfscale.o .libs/sfweight.o .libs/skeleton.o .libs/test_contrib.o -Wl,-rpath -Wl,/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -L/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib -lclipper-core -lrfftw -lfftw -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64 -L/lib/../lib64 -L/usr/lib/../lib64 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64/crtn.o -Wl,-soname -Wl,libclipper-contrib.so.2 -o .libs/libclipper-contrib.so.2.0.7 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-contrib.so.2.0.7T /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-contrib.so.2.0.7 libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib && { ln -s -f libclipper-contrib.so.2.0.7 libclipper-contrib.so.2 || { rm -f libclipper-contrib.so.2 && ln -s libclipper-contrib.so.2.0.7 libclipper-contrib.so.2; }; }) libtool: install: (cd /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib && { ln -s -f libclipper-contrib.so.2.0.7 libclipper-contrib.so || { rm -f libclipper-contrib.so && ln -s libclipper-contrib.so.2.0.7 libclipper-contrib.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-contrib.lai /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-contrib.la libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-contrib.a /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-contrib.a libtool: install: chmod 644 /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-contrib.a libtool: install: ranlib /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib/libclipper-contrib.a libtool: finish: PATH="/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin:/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2/bin:/home/emsley/bin.Linux:/home/emsley/gdb/bin:/home/emsley/bin:/home/emsley/tools/bin:/sbin:/usr/sbin:/home/emsley/molprobity:/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bsd:/sbin:/usr/bin:/bin::/etc:/usr/etc:/sbin" ldconfig -n /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib ---------------------------------------------------------------------- Libraries have been installed in: /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/lib If you ever happen to want to link against installed libraries in a given directory, LIBDIR, you must either use libtool, and specify the full pathname of the library, or use the `-LLIBDIR' flag during linking and do at least one of the following: - add LIBDIR to the `LD_LIBRARY_PATH' environment variable during execution - add LIBDIR to the `LD_RUN_PATH' environment variable during linking - use the `-Wl,-rpath -Wl,LIBDIR' linker flag - have your system administrator add LIBDIR to `/etc/ld.so.conf' See any operating system documentation about shared libraries for more information, such as the ld(1) and ld.so(8) manual pages. ---------------------------------------------------------------------- make[3]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/contrib' make[2]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper/contrib' make[2]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper' make[3]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper' make[3]: Nothing to be done for `install-exec-am'. test -z "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper" || /bin/mkdir -p "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper" /usr/bin/install -c -m 644 clipper-ccp4.h clipper-cctbx.h clipper-cif.h clipper-cns.h clipper-contrib.h clipper.h clipper-minimol.h clipper-mmdb.h clipper-mmdbold.h clipper-phs.h minimal-clipper-hkl.h minimal-clipper-map.h '/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/include/clipper' make[3]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper' make[2]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper' make[1]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/clipper' Making install in examples make[1]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/examples' make[2]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/examples' test -z "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin" || /bin/mkdir -p "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin" make[2]: Nothing to be done for `install-data-am'. /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c caniso cecalc cfft chltofom cinvfft clipper_test cmakereference cmaplocal cmodeltoseq cncsfrommodel convert2mtz cpatterson cphasecombine cphasematch csfcalc csfcreate csigmaa csymmatch maketestdata '/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/caniso /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin/caniso libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/cecalc /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin/cecalc libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/cfft /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin/cfft libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/chltofom /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin/chltofom libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/cinvfft /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin/cinvfft libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/clipper_test /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin/clipper_test libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/cmakereference /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin/cmakereference libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/cmaplocal /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin/cmaplocal libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/cmodeltoseq /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin/cmodeltoseq libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/cncsfrommodel /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin/cncsfrommodel libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/convert2mtz /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin/convert2mtz libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/cpatterson /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin/cpatterson libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/cphasecombine /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin/cphasecombine libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/cphasematch /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin/cphasematch libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/csfcalc /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin/csfcalc libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/csfcreate /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin/csfcreate libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/csigmaa /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin/csigmaa libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/csymmatch /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin/csymmatch libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/maketestdata /home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin/maketestdata make[2]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/examples' make[1]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/examples' Making install in dox make[1]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/dox' make[2]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/dox' make[2]: Nothing to be done for `install-exec-am'. make[2]: Nothing to be done for `install-data-am'. make[2]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/dox' make[1]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1/dox' make[1]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1' make[2]: Entering directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1' test -z "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin" || /bin/mkdir -p "/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin" make[2]: Nothing to be done for `install-data-am'. /usr/bin/install -c clipper-config '/home/emsley/autobuild/build-coot+rdkit-pre-release-gtk2-python/bin' make[2]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1' make[1]: Leaving directory `/home/emsley/autobuild/building/garib-pc-1.lmb.internal_2013-08-19__T10_20_42/clipper-2.1'